Jabatan Perancangan Bandar dan Desa Negeri Sembilan mula wujud pada tahun 1960. Pada waktu itu, tanggungjawab ini dilaksanakan oleh Jabatan Perancangan Bandar dan Kampong (JPBK) Negeri Selangor / Melaka / Negeri Sembilan yang beribu pejabat di Kuala Lumpur. Pada tahun 1962, JPBK Negeri Sembilan/Melaka telah dibentuk yang berpejabat di Seremban berikutan Negeri Selangor menubuhkan JPBK sendiri di Kuala Lumpur.JPBK Negeri Sembilan mula beroperasi sendiri setelah diasingkan dari gabungan JPBK Negeri Sembilan/Melaka mulai tahun 1977 di mana tanggungjawab dan fungsi jabatan ini dihadkan kepada Negeri Sembilan sahaja.JPBK Negeri Sembilan dengan secara rasminya dinamakan Jabatan Perancang Bandar Dan Desa (JPBD) Negeri Sembilan pada tahun 1979. Pada tahun 2005, JPBD Negeri Sembilan secara rasminya dikenali sebagai Jabatan Perancangan Bandar Dan Desa Negeri Sembilan (JPBDNS). Perubahan nama ini dibuat bagi mencerminkan bidang tugas jabatan yang meningkat dan juga merupakan satu langkah penyelarasan JPBD di seluruh Semenanjung Malaysia.JPBD NS mula menerima pakai dan melaksanakan peningkatan dan penyusunan semula jabatan pada bulan Mac 2003. Struktur organisasi JPBD NS dibahagi kepada 4 bahagian utama iaitu Bahagian Pentadbiran dan Kewangan; Bahagian Perancangan Korporat, Urus Setia JPN dan Lembaga Rayuan; Bahagian Perancangan Pembangunan dan Projek Khas; dan Bahagian Kawalan Pembangunan.